Das Pharmaziemuseum zeigt eine der weltweit grössten Sammlungen zur Geschichte der Heilmittel und ihrer Herstellung. Professor J. A. Häfliger gründete das Museum als universitäre Studien- und Belegsammlung im Jahr 1925 für das Pharmazeutische Departement. Das Museum ist in seiner ursprünglichen Form als wissenschaftliches Kabinett bis heute erhalten geblieben.

Neben einem historischen Alchemistenlabor mit Originalen des 16./17. Jahrhunderts finden die Besucherinnen und Besucher ein Labor aus der Zeit um 1800 und drei historische Apothekeneinrichtungen sowie eine bedeutende Fayencen-Sammlung im Pharmaziemuseum vor. 

Die umfangreiche Sammlung früher gebrauchter Arzneistoffe aus der ganzen Welt veranschaulicht unterschiedliche Krankheitsvorstellungen und Heilkonzepte und deren Wandel im Laufe der Zeit bis zu den Anfängen der Basler Pharmazeutischen Industrie.

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